Mutu menjadi prioritas utama dalam semua kegiatan yang dilakukan Institut Sains dan Teknologi Nasional(ISTN). Penjaminan mutu menjadi tanggung jawab semua pihak sesuai fungsi dan kedudukan di ISTN. Komitmen menjadi kunci keberhasilan penerapan Sistem Penjaminan Mutu. Komitmen bukan sekedar dukungan saja tetapi lebih jauh berkaitan dengan tanggung jawab, tindakan dan mau terlibat didalam penerapan Sistem Penjaminan Mutu tersebut.
Satuan Penjaminan Mutu (SPM) ISTN, merupakan bagian dari manajemen Institut yang tidak terpisahkan dengan tanggung jawab Rektor, Wakil Rektor, Dekan, Wakil Dekan, pimpinan jurusan/prodi , pimpinan lembaga, kepala badan, kepala unit, dan prodi sebagai pengelola manajemen. Desain dan Implementasi SPM ISTN didasarkan dan menggunakan Konsep Quality Manajemen System (QMS) ISO 9001:2015 dan IWA 2:2007, Quality Assurance System (QAS) dan Total Quality Manajement (TQM) dengan berorientasi pada Visi, Misi dan Tujuan ISTN serta persyaratan dan harapan pelanggan/stakeholders ISTN.
SPM ISTN dirancang dan dilaksanakan untuk menjamin penerapan Sistem Jaminan Mutu Pada Bidang pendidikan dan pengajaran/akademik, penelitian, pengabdian pada masyarakat, dakwah Islamiyah dan bidang penunjang lain dalam rangka mencapai Kebijakan Mutu, Sasaran Mutu dan Rencana Mutu yang di tetapkan.
Penerapan SPM ditingkat universitas, dekanat, jurusan/program studi dan unit-unit pelaksana lainnya dilakukan untuk menjamin kesesuaian dan kepastian terhadap Norma, Standar, Pedoman, Peraturan dan Manual mutu yang berlaku di ISTN, yang mencakup Kebijakan Mutu, Sasaran Mutu dan Rencana Mutu, Manual Mutu, Posedur Mutu, peraturan akademik, kompetensi lulusan, proses pembelajaran, sumberdaya lain, serta memenui harapan, persyaratan dan kepuasan pelanggan/stakeholders ISTN.
Penerapan SPM di ISTN dimaksudkan untuk memastikan kemampuan ISTN secara konsisten menghasilkan produk jasa pendidikan yang memenuhi kebutuhan dan persyaratan pelanggan dan stakeholder, visi, misi, dan tujuan ISTN, memenuhi persyaratan hukum yang berlaku dan memberikan kepuasan pada pelanggan dan stakeholders, peningkatan kinerja unit/lembaga, peningkatan proses yang berkelanjutan pada semua bagian di lingkungan ISTN.